২০১৩ সালে নিজেদের মাদ্রাসায় গ্রেনেড বিস্ফোরণে তিনজন নিহত হওয়ার পর হেফাজত থেকে নিষ্ক্রিয় রাখা হলেও জুনায়েদ বাবুনগরীর কমিটিতে পদ পান নিষিদ্ধ জঙ্গি সংগঠন হরকাতুল জিহাদের ঘনিষ্ঠ সহচর মুফতি হারুন ইজহার। স্বাধীনতার সুবর্ণজয়ন্তীতে হাটহাজারি মাদ্রাসার আশেপাশের তাণ্ডবে মদদদাতাদের অন্যতম তিনি। আইনশৃঙ্খলা বাহিনী বলছে, হুজি ছাড়াও পাকিস্তানভিত্তিক জঙ্গি সংগঠন লস্কর-ই-তৈয়বার সঙ্গে যোগসূত্রের অভিযোগ আছে তার বিরুদ্ধে।

১৯৯৯ সালে কবি শামসুর রাহমান হামলায় জড়িতরা সবাই হুজিবির সদস্য। অভিযোগ আছে হামলার আগে চট্টগ্রামের লালখান বাজার মাদ্রাসাতেই প্রশিক্ষণ নিয়েছিলেন তারা। হরকাতুল জিহাদের সাথে সম্পৃক্ততায় সে সময় আলোচনায় আসে মাদ্রাসাটি।

জঙ্গি তৎপরতার অভিযোগে ২০১০ এবং পাকিস্তান ভিত্তিক জঙ্গি সংগঠন লস্কর-ই-তৈয়বার সাথে জড়িত থাকার অভিযোগে ২০১১ সালে দুই দফায় গ্রেপ্তার হন মুফতি ইজাহারের ছেলে হারুন বিন ইজহার। জঙ্গি তৎপরতায় র‌্যাবের মামলায় অভিযোগপত্রভুক্ত আসামিও তিনি।

২০১৩ সালে লালখান বাজার মাদ্রাসায় গ্রেনেড বিস্ফোরণে ৩ জন নিহতের পর হেফাজতের সাংগঠনিক কার্যক্রম থেকে নিস্কৃয় রাখা হয় মুফতি ইজাহারুল ইসলামকে। জুনায়েদ বাবুনগরীর নেতৃত্বে নভেম্বরে হেফাজতের কমিটিতে ছেলে হারুন ইজাহারকে করা হয় শিক্ষা ও সংস্কৃতিবিষয়ক সম্পাদক।

২০১৩ সালে লালখান বাজার মাদ্রাসার ভেতরে বিস্ফোরণের ঘটনার পর আফগান ফেরৎ যোদ্ধা মুফতি ইজহারুল ও তার ছেলে মুফতি হারুন ইজাহারকেও গ্রেপ্তার করা হয়েছিল। জঙ্গি সম্পৃক্ততা-শাপলা চত্বরের নাশকতাসহ ১৮ মামলার আসামি মুফতি হারুন ইজহার।